Profiling the cancer proteome

Sammanfattning: Popular Abstract in Swedish Cancer är en komplex och heterogen sjukdom där celler har börjat växa okontrollerat och denna sjukdom är idag ett stort hälsoproblem. På grund av diffusa symptom upptäcks cancern ofta i ett sent stadium. Otillräcklig kunskap om olika fenotyper hindrar utvecklingen av riktad behandling och patienter svarar därför väldigt olika på en given behandling. Denna avhandling är baserad på fyra manuskript där masspetrometri-baserad proteomik har använts för att studera tre olika cancrar; bröst-, ovarial- och prostatacancer. 2D-gel elektrofores och LC-MS/MS-baserad analys har använts. Ovarialcancer har ofta dålig prognos eftersom den ofta hittas i ett sent skede. Det finns därför ett stort behov av diagnostiska markörer för tidig detektion av sjukdomen. I två studier i denna avhandling har ovarialcancertumörer analyserats för att detektera sådana markörer. Proteinexpressionsprofiler från 2D-DIGE-analys kunde separera subgrupper av tumörer och proteiner som skiljer sig i uttryck med ökande malign grad identifierades. En mer djupgående karaktärisering av benigna och maligna tumörer gjordes med LC-MS/MS där iTRAQ användes för kvantifiering. Bröstcancer består av många patologiska subtyper med olika klinisk presentation och utgång. Med 2D-DIGE konstruerades proteinexpressionsprofiler för tumörer som tidigare analyserats för genexpression för att dela upp dessa tumörer i olika grupper. Subgrupperna som hittades överensstämmer väldigt väl med grupper som hittats på gennivå och dessa korrelerar väl med klinisk information. Proteiner som är karaktäristiska för dessa subgrupper skulle kunna vara användbara som prognostiska markörer. Somatostatin kan potenitellt inhibera tumörväxt i avancerad hormonresistent prostatacancer. Ett derivat av somatostatin som ökar dess halveringstid i kroppen är intressant som potentiell behandling för denna cancer. Somatostatin och dess derivats effekter studerades i en prostatacancer cellinje med 2D-geler. Somatostatin och derivatet visade sig har liknande effekt på cellinjen och detta pekar på derivatet som potentiellt som behandling.