The clinical value of genetic analyses of bone and soft tissue tumors

Sammanfattning: Popular Abstract in Swedish Tumörer i ben och mjukdelar är vanliga men utgör endast 1 % av alla maligna neoplasier. De elakartade tumörerna är ofta utmanande att diagnostisera pga deras relativt likartade morfologi samt att de är ovanliga. Således är all tilläggsinformation värdefull och genetiska analysmetoder kan bidra med information som är användbar och i vissa fall tom avgörande för diagnostik, behandling och prognos. Vi har använt olika genetiska analysmetoder såsom cytogenetik, fluorescens in-situ hybridisering (FISH), singel nukleotid polymorfism (SNP) array, polymeras kedjereaktion (PCR) och sekvensering (next generation sequencing-NGS) för att utvärdera deras kliniska användbarhet. Olika typer av såväl benigna som maligna ben och mjukdels tumörer har analyserats i detta syfte. Tumörmaterialet vi använt består av finnålsaspirat, färskfrusen vävnad samt formalinfixerade prover. I arbete I jämförde vi karyotyper utförda på material från finnålsaspirat, mellannålsbiopsier samt kirurgiska biopsier. Cytogenetisk analys hittade klonala avvikelser i 64 % av de kirurgiska biopsierna, i 48 % av mellannålsbiopsierna samt i 24 % av finnålsaspiraten. Resultaten indikerar att cytogenetisk analys bör utföras på kirurgiska biopsier i första hand. I arbete II analyserade vi en tumör hos en 10-årig flicka som diagnostiserats med ett jättefibroadenom i bröstet. SNP array visade förlust av heterozygositet och uniparentella disomier för kromosmer 10, 11 och 22 samt en homozygot deletion av en gen kallad PARVA. Dessa resultat visar hur SNP array kan användas för att erhålla information avseende pediatriska brösttumörer. I arbete III visade vi att en balanserad t(7:19)(q22:q13) translokation resulterar i en ny fusionsigen karakteristisk för en malign kärltumör kallad pseudomyogent hemangiendotheliom. Resultaten baseras på en kombination av cytogenetik, FISH, PCR och RNA sekvensering. I arbete IV använde vi framgångsrikt RNA sekvensering på formalinfixerad vävnad för att undersöka förekomst av fusionsgener i benigna fibrösa histiocytom (dermatofibrom). En ny fusionsgen involverande proteinkinas C familjen upptäcktes. I arbete V studerade vi pediatriska rhabdomyosarkom med huvudsakligen SNP array och fann att denna teknik kunde detektera flera diagnostiskt och prognostiskt viktiga genetiska avvikelser. Dock behövs ytterligare undersökningsmetoder för att vidare utreda genfusioner. Sammanfattningsvis kan således genetiska undersökningsmetoder ge kliniskt relevant och användbar information avseende tumörer i ben och mjukdelar. Vilken typ av metod som ska användas beror på tillgängligt material och frågeställningen. Sekvenseringsteknikerna blir snabbt mer tillgängliga och användbara vilket leder till att deras kliniska betydelse troligtvis kommer att öka framöver.