Characterisation of Food Associated Bacteria by DNA based Methods, with Special Reference to Enterobacteriaceae

Sammanfattning: Popular Abstract in Swedish Vissa E. coli bakterier kan vara utrustad med arvsanlag (gener) som kodar för vidhäftningsfaktorer, som gör att den kan binda till tarmslemhinnan, eller toxiner som kan orsaka olika typer av tarmsjukdom som diarré. En annan faktorer som kan bidra till att en bakterie kan orsaka infektion är genkassetter, som kodar för en rad av olika gener, som t.ex för upptag av järn, nödvändigt för organismens metabolism. Närvaro av sådana gener undersöktes i livsmedel med PCR teknik, dvs generna mångfaldigas så att de blir möjliga att detektera med olika typer av infärgningsmetoder. Bakterier nära besläktade med E. coli studerades också med olika genetiska eller s.k. DNA baserade metoder, där man utnyttjar skillnader i nukleinsyra sammansättningen i själva DNA strängen. Avsikten var att få fram kompletterande metoder för en snabbare och säkrare identifiering av den bakterieflora som finns i livsmedel. Dessutom studerades sammansättningen av bakteriefloran i fläskkött med en sådana här metoder. Bakteriefloran i kött har blivit väl studerad i tidigare undersökningar. Man har då man använt sig av odlingsmetoder, dvs. man odlar fram och isolerar mikroorganismerna av intresse som sedan identifieras med biokemiska metoder. Nu kan kan man preparera fram bakteriernas DNA från provet istället och med DNA baserade metoder identifiera vilka organismer som finns i provet från början. Fördelen med dessa nya metoder är att man kan påvisa förekomst av bakterier som är svåra att odla i laboratoriet. Några gener som kodade för toxin eller vidhäftningsfaktorer kunde inte detekteras i de undersökta livsmedlen, som huvudsakligen bestod av nöt- och fläskkött. Däremot kunde vi påvisa förekomsten av en genkassett som kodar för upptag av järn i en till E. coli besläktad bakterie, Serratia liquefaciens. Denna bakterie kan ibland växa till höga antal i proteinrika kylförvarade livsmedel. Detta visar att faktorer, som hos närbesläktade bakteriearter kan bidra till en infektion, kan finnas i mikroorganismer som är vanligt förkommande i kött. Med hjälp av DNA baserade metoder var det möjligt att identifiera bakterierarter av släkten som Klebsiella, Hafnia, Serratia och Rahnella. Dessa typer av organismer kan bidra till förskämmningen av livsmedel och kan ibland orsaka sjukdom hos personer med ett försvagat immunförsvar. Dessutom var det möjligt att gruppera Rahnella i undergrupper med dessa metoder, vilket kan ha betydelse när man vill spåra en smittkälla för ett livsmedel t.ex. Analys av fläskkött med DNA baserade metoder visade att bakteriefloran överenstämde ganska väl med vad man tidigare funnit med konventionella odlingsmetoder. Från början är bakteriefloran blandad bestående av både grampositiva och gramnegativa bakterier men övergår under kyllagring till en mer ensartad flora av arter som trivs i kyla som t.ex. Pseudomonas flourescens, Pseudomonas fragi och Pseudomonas lundensis. Analysen visade också förekomst av Eperythrozoon som inte låter sig odlas på vanliga laboratoriemedia. Denna bakterie kan orsaka infektion hos människa, men man har lite kunskap om hur den sprids.